Im Jahr 838 schenkte Kaiser Ludwig der Fromme den damals als Gut Reni bezeichneten Falkenhof dem Marienkloster in Herford. Das Stift vergab den Hof zur Bewirtschaftung an adlige Gefolgsleute. Seinen Namen erhielt das Gut im 14. Jahrhundert von der Familie von Valcke. Unter den Pächtern war die Familie von Morrien von besonderer Bedeutung. Sie bewohnte das Anwesen von 1521 bis 1799 und verlieh ihm sein heutiges Erscheinungsbild. Durch den Ankauf angrenzender Häuser und Höfe wurde der Falkenhof kontinuierlich vergrößert.
Unter napoleonischer Herrschaft ging der Hof 1809 in das freie Eigentum der Familie von Basse über, die es 1940 an die Stadt Rheine veräußerte. Nach wechselnder Nutzung als Vereinsheim, Jugendherberge, Schule, Gefängnis oder Rathaus wurde im Falkenhof seit den 1950er Jahren das städtische Museum aufgebaut.
Weitere umfassende Veränderungen erlebte der Falkenhof in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts. Der Westbau wurde angefügt, es entstand die heutige dreiflüglige Anlage. Ganz im Sinne des barocken Zeitgeschmacks setzte man zur Betonung der neugewonnenen Symmetrie eine große doppelläufige Treppe vor den Mittelbau. Zur Stadt hin wurde die Hofmauer geöffnet und der Blick auf die schloßartige Anlage freigegeben. Nach wie vor gehörte zum Falkenhof jedoch auch ein Wirtschaftsbereich mit Ställen und Schuppen.
Die öffentliche Nutzung des Hofs ab der Mitte des 19. Jahrhunderts führte zu mehrfachen Veränderungen der Innenaufteilung der Gebäude sowie der Raumvergrößerung durch Anbauten. Heute ist nur noch der gartenseitige Ostflügelanbau erhalten, der das Erscheinungsbild des Falkenhofs seit der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts mitbestimmt.
Bei den Ausschachtungsarbeiten für den neuen Treppenturm im Nordosten der Anlage wartete auf die Archäologen eine Sensation: Man entdeckte in vier Metern Tiefe die unterirdische Gänge, von denen ältere Rheinenser Bürger immer wieder berichtet hatten. Das begehbare Tunnelsystem, dessen ursprüngliche Nutzung noch nicht geklärt ist, wurde auf einer Länge von rund 70 Metern vom Schlamm befreit. Nachträglich dienten die Gänge den früheren adligen Hofbesitzern zur Abfallentsorgung, so daß eine beachtliche Anzahl von Gebrauchsgegenständen vom 17. bis 19. Jahrhundert geborgen werden konnte. Funde wie bemalte Keramik, farbige Gläser, luxuriöses chinesisches Porzellan oder Holzkämme können jetzt im neuen Stadtmuseum präsentiert werden.